Хоакин Фернандес е роден на 22 януари 1999 година в Роча (Уругвай). Юноша е на местния „Ривър Плейт“ (Монтевидео), с който подписва първия си професионален договор през лятото на 2018 г. С екипа на родния си клуб изиграва 25 мача.
През лятото на 2020 г. преминава в нидерландския „Хеерневен“, а в началото на 2021 г. е преотстъпен на уругвайския „Монтевидео Сити“, записвайки 14 мача.
В началото на 2022 г. е преотстъпен на друг уругвайски клуб – „Атенас“, изигравайки 20 мача. В началото на 2023 г. преминава в „Бостън Ривър“ (Уругвай), записвайки 2 мача.
През лятото на 2023 г. се завръща в „Атенас“ като изиграва 15 мача и вкарва 1 гол.
През 2017 г. Хоакин Фернандес става част от юношеския национален отбор на Уругвай до 17 г., като изиграва 1 мач. Година по-късно е повикан в селекцията до 20 г., с чийто екип изиграва 3 мача.
От „ПФК Левски“ приветстваха с добре дошъл на „Герена“ Хоакин Фернандес и му пожелават много победи и щастливи мигове със синята фланелка.
